EN
空间基因组(DLO Hi-C)
空间基因组(DLO Hi-C)
  • DLO Hi-C 技术原理

  • 单细胞 DLO Hi-C 技术原理图

DLO Hi-C

人类基因组包含大约20,000个蛋白质编码基因和大量的转录调控元件。研究表明,染色质状态以及三维结构对基因在的表达有着深远的影响。通过三维基因组与转录组、表观组等数据的联合分析,以及结合DNA-FISH实验对分析结果的验证,能够在表观遗传和基因表达调控网络层面上对生物体性状形成的相关机制进行精确解析。前期,我们开发了一种新的染色体构象捕获技术in-situ DLO Hi-C, 其特点是成本低,构建Hi-C文库的方法简单。这种基于双交联和邻近连接的方法只需要两轮酶切和连接反应就可以构建高质量的Hi-C文库,鲲羽生物的DLO Hi-C技术和单细胞DLO Hi-C技术,使实验周期更短,效率更高,且适用于少量细胞。

技术优势

Technical advantages


  • 无需专门构建群体,单个样 本实现辅助基因组组装


  • 精确率高,人类基因组锚定染色体精确率为98%,排序和定向准确率大99%


  • 周期短,操作便捷,性价比高


  • 文库质控体系,降低了实验成本,测序结果更可靠


  • 适用多种不同物种,不同样本

技术应用

Technology application

  • ●为疾病风险预测提供思路
    ●为肿瘤形成机制提供依据
    ●为农业动植物经济性状连锁标记及基因组进化奠定基础

  • ●有助于了解基因组折叠对基因表达的影响
    ●有助于了解基因组三维结构对细胞发育,分化及细胞命运的决定

  • ●揭示基因组远程调控元件介导的分子网络
    ●通过分析调控元件空间互作热点开发潜在的药物作用靶点

  • ●辅助动植物基因组组装
    ●宏基因组组装及菌群精确分类

  • 染色体跨度的单倍
    型图谱构建

  • 探索基因组
    的3D结构
  • 开发调控基因
    的DNA元件
  • Hi-C辅助基
    因组组装

适用样本

1、贴壁细胞,悬浮细胞等各种细胞系,例如THP-1人外周血的单核细胞系,A549人非小细胞肺泡细胞和口腔上皮等;
2、动物组织(研磨后细胞量特别少的除外),昆虫,肿瘤组织(不能匀浆的除外)等;
3、其他特殊样本可联系技术支持。

部分客户文章

Some customer articles

Yonghao Sun, Liang Dong, Ying Zhang, Da Lin, Weize Xu, Changxiong Ke, Linqian Han, Guoliang Li, David Jackson, Xingwang Li, Fang Yang. 3D genome architecture  coordinates trans and cis regulation of differentially expressed ear and tassel genes in maize. Genome Biology, 2020.

Canhui Cao, Ping Hong, Xingyu Huang, Da Lin, Gang Cao, Liming Wang, Bei Feng, Ping Wu, Hui Shen, Qian Xu, Ci Ren, Yifan Meng, Wenhua Zhi, Ruidi Yu, Juncheng Wei, Wencheng Ding, Xun Tian, Qinghua Zhang, Wei Li, Qinglei Gao, Gang Chen, Kezhen Li, WingKin Sung, Zheng Hu, Hui Wang, Guoliang Li, Peng Wu. HPV-CCDC106 Integration Alters Local Chromosome Architecture and Hijacks an Enhancer by Remodeling the 3D Genome Structure in Cervical Cancer. Journal of Genetics and Genomics, 2020.

Xiao, K. et al. RUNX1-mediated alphaherpesvirus-host trans-species chromatin interaction promotes viral transcription. Science Advances 7, eabf8962 (2021).